タイトルが回りくどくてわかりにくいので、何をやりたいのか整理してみます。
これはインプラントのケースでお預かりした口腔内スキャンデータからカスタムアバットメントと、その上部構造を一度で製作する方法です。
一度で製作するのは 3ShapeDntalDesigner の基本的な機能なので一見何の問題もないように思えます。
しかし実際にはアバットメントを一度完成させてそれを実スキャンし、その上に上部構造をデザインした方が適合がよく、現実的にはこの方法をとっている方が多いようです。
石膏模型があるなら模型にアバットメントを装着してスキャンすれば済みますが、口腔内スキャンのモデルレスで進める場合どうすれば良いのでしょうか？
実スキャンしたアバットメントのデータを口腔内スキャンデータの中に取り込む方法をご説明したいと思います。
１、通常通りカスタムアバットメントの設計を完了する。
２、設計最後の画面で右端のツールアイコンから追加スキャンを起動し、上顎、下顎、上下顎（バイト）のそれぞれをデスクトップなどに保存する。アバットメント付きの顎データや上下顎のときは、Ctrlキーを押しながら選択すれば複数のオブジェクトを同時に選択できる。
３、カスタムアバットメントを実際に完成させる。この時研磨しすぎてデータとの形の差異が大きくならないように注意する。
４、新たにオーダーフォームを立ててスキャナーを起動する。
５、カスタムアバットメント（支台歯）以外は２で保存したデータをインポートする。
６、カスタムアバットメントだけは実スキャンし、位置合わせで取り込む。
先にも書きましたが、アバットメントのサポート痕の調整などで形が変わってしまうと位置合わせがうまくいきません。特にマージンはほとんどいじらない方が良いと思います。